H πιο γνωστή θυγατρική εταιρεία της Aegean Airlines είναι η Olympic Air, την οποία εξαγόρασε το 2013.
Ωστόσο, η Olympic Air δεν είναι η μοναδική θυγατρική της Aegean Airlines, καθώς η τελευταία έχει προχωρήσει στην ίδρυση της Aegean Cyprus LTD στη Κύπρο.
H θυγατρική αυτή εταιρεία παραμένει ανενεργή και δεν έχει φορολογητέα εισοδήματα.
Σημειώνεται ότι η Aegean Airlines έχει αξιοσημείωτο μερίδιο αγοράς στα δρομολόγια Ελλάδας – Κύπρου, ενώ σύμφωνα με παλαιότερο δημοσίευμα της κυπριακής εφημερίδας «Φιλελεύθερος» είχε εκδηλώσει ενδιαφέρον για το λογότυπο της κρατικής Cyprus Airways.
