Μπορεί να υπάρχει ταύτιση απόψεων μεταξύ υπουργείου Ναυτιλίας, ΤΑΙΠΕΔ και διοικήσεων των περιφερειακών λιμένων για την μέθοδο της αξιοποίησης των περιφερειακών λιμένων, μέσω των υπο-παραχωρήσεων δραστηριοτήτων, ωστόσο έχουν εκδηλωθεί ήδη οι πρώτες διαφωνίες.
Διοίκηση περιφερειακού λιμένα, το οποίο εμφανίζεται πρώτο προς αξιοποίηση, συναντήθηκε πρόσφατα με τη διοίκηση του ΤΑΙΠΕΔ, εκφράζοντας τις αντιρρήσεις του σε επιμέρους πτυχές της διαγωνιστικής διαδικασίας.
Το τοπίο θα ξεκαθαρίσει, τόσο με την ψήφιση του σχετικού νομοσχεδίου του υπουργείου Ναυτιλίας, όσο και με την έναρξη των διαγωνιστικών διαδικασιών για την αξιοποίηση των περιφερειακών λιμένων.