Όπως αρκετοί συγκοινωνιακοί και όχι μόνο φορείς, έτσι και η ΤΡΑΙΝΟΣΕ έχει αναπτύξει και υλοποιεί ένα σύστημα παρακολούθησης της ικανοποίησης των επιβατών και αξιολόγησης του επιπέδου των υπηρεσιών της. Το εν λόγω σύστημα υλοποιείται από το 2012.
Στο σύστημα περιλαμβάνονται «Μυστικοί Επιβάτες», οι οποίοι ταξιδεύουν στα τρένα της και αξιολογούν όλη την αλυσίδα των υπηρεσιών της, από την έκδοση του εισιτηρίου τους, τη μεταφορά αποσκευών, το επίπεδο ταξιδιωτικής πληροφόρησης, την καθαριότητα των συρμών, τη συνέπεια των δρομολογίων κ.λπ.
Όλες οι μετρήσεις και οι παρατηρήσεις αξιολογούνται, ώστε η εταιρεία να δρομολογεί ενέργειες βελτίωσης προς όφελος των επιβατών.
Το σύστημα ελέγχου της ποιότητας των επιβατικών υπηρεσιών της πιστοποιείται από τον ανεξάρτητο Οργανισμό TUV Nord (Hellas) από το 2013.
